Iñaki Muñoz nació en Iruña en 1978. Jugó desde joven en las categorías inferiores de Osasuna hasta que en el año 1999 pasa a formar parte del primer equipo. Debutó en la Segunda división en la temporada 1999-00. Un año después, en la temporada 2000-01, es cedido al Toledo de Segunda división B, donde juega 32 partidos y marca 3 goles. Después de haberse ganado el puesto merecidamente, retorna a Osasuna, donde juega las siguientes 6 temporadas en la Primera división.

En el verano del 2007 llega libre al Athletic Club, donde firma un contrato por dos temporadas. En total ha jugado más de 130 partidos en Primera división y ha marcado 16 goles.