Iban Zubiaurre jugó desde joven en las categorías inferiores de la Real Sociedad. En la temporada 2004-05 pasa a formar parte de la primera plantilla. Con este equipo debuta en la Primera división el 28 de noviembre de 2004 en el partido Deportivo 2-2 Real Sociedad.

En 2005 iba a ser uno de los fichajes del Athletic de Bilbao, pero la operación no se pudo concretar porque el jugador tenía contrato con la Real Sociedad, al ejercer ésta la cláusula de ampliación de contrato, firmada por el jugador y el Club en su día, por una temporada más. Jugador y clubes se encontraron en un proceso judicial para solucionar el problema; los juzgados desestimaron en primera instancia la demanda de despido presentada por Iban Zubiaurre contra su Club. La Real Sociedad se remitía a la cláusula de rescisión de 30 millones de €, mientras el Athletic de Bilbao condicionaba la incorporación definitiva de Zubiaurre a que éste llegase sin coste de traspaso alguno. La Cultural de Durango, de Segunda división B, pidió a la Real Sociedad que Iban jugara con ellos hasta que se solucionara el conflicto, petición que fue denegada por el equipo txuriurdin hasta que se llegara a un acuerdo entre las 3 partes Real Sociedad, Athletic de Bilbao e Iban Zubiaurre. El jurado decidió en el mes de octubre que el jugador debía pagar 5 millones como claúsula de rescisión a la Real Sociedad, muy lejos de los 30 que pedía el club donostiarra, pero que convertían a Zubiaurre en uno de los fichajes más caros de la historia del Athletic. Tanto el jugador como el Athletic Club presentaron un aval con esa cantidad y la LFP permitió la inscripción del jugador.

Finalmente, y pese a los obstáculos judiciales de la Real Sociedad, el jugador fue presentado como jugador del Athletic Club el 16 de noviembre de 2006 en San Mamés.